Группа была основана гитаристом Юрием Мелисовым, известным под ником Juron. Первые попытки организовать группу были предприняты ещё в 1993 году, но состав был собран только два года спустя. В 1995 году еще безымянным коллективом был записан демо-альбом Феникс, с вокалом Мелисова. Уже этот дебютный материал вышел на известном лейбле Moroz Records. По словам Андрея Лаптева, в то время никакого договора с лейблом на выпуск альбомов ещё не было, и участникам пришлось заплатить собственные деньги для того, чтобы их издали под маркой этого лейбла. С 1995 года группа получила название Эпидемия. Первый концерт группы состоялся 20 декабря 1995 года в ДК МЭИ. Именно этот день считается официальной отправной точкой в истории коллектива. Для записи первого альбома к группе присоединились вокалист Павел Окунев и гитарист Роман Захаров, ставший вторым композитором группы. Дебютный релиз Воля к жизни (1998) состоял всего из пяти композиций, но уже на следующий год группа выпускает полноценный альбом На краю времени. Состав, принимавший участие в его записи, состоял из Юрия Мелисова (гитара), Романа Захарова (гитара), Павла Окунева (вокал), Ильи Князева (бас-гитара) и Андрея Лаптева (ударные).
В 2000 году из-за творческих разногласий группа расстается с Павлом Окуневым, впоследствии основавшим группу Арда. Его сменил Максим Самосват (позднее также вокалист первых двух альбомов прогрессив-метал группы Mechanical Poet). Именно с его появлением музыканты связывают резкий взлёт популярности группы в начале нового века. Первый альбом с участием нового вокалиста, Загадка волшебной страны, отличался большей мелодичностью и меньшим влиянием спид-метала. На балладу «Я молился на тебя» был снят видеоклип, показанный по MTV Russia. Эпидемия попала в число номинантов MTV Europe Music Awards 2002 от России и попала в пятерку победителей. Музыканты присутствовали в Барселоне на вручении этой престижной премии. В одном из шоу на MTV группа выступила совместно с легендарным Alice Cooper.
На следующий год группу покинул один из лидеров — Роман Захаров, которого сменил Павел 'Bush' Бушуев. В это же время Андрей Лаптев ссорится с коллективом и покидает группу. Ему на замену приходит Евгений Лайков, а затем и Дмитрий Кривенков.
С новым составом Мелисов начал реализовывать свою давнюю мечту: сюжетную метал-оперу. В его первоначальные планы входила постановка по мотивам книжного сериала Dragonlance, но в итоге был написан самостоятельный, хотя и похожий, сюжет. В записи концептуального альбома "Эльфийская рукопись" приняли участие музыканты из групп Ария, Arida Vortex, Чёрный Обелиск, Мастер и Бони НЕМ. Презентация альбома совместно с группой Ария состоялась 13 февраля 2004 года перед шеститысячной публикой на фестивале «Пятница, 13-е». Популярность Эпидемии резко возрастает. Песня с альбома — «Пройди свой путь» на месяц заняла 1-е место в хит-параде Нашего Радио «Чартова Дюжина».
Вскоре из группы уходит второй гитарист Павел Бушуев. Его сменяет Илья 'Lars' Мамонтов.
В 2005 году группа выпустила альбом Жизнь в сумерках, состоявший из перезаписанных в новом составе песен Мелисова с альбомов, предшествовавших Эльфийской рукописи. На официальном сайте группы было проведено голосование среди фанатов, по итогам которого и были выбраны песни для перезаписи. Изменились аранжировки и вокальные партии, они стали разнообразнее и тяжелее. Вокальные партии Самосвата стали интересней и жёстче, обновленные соло в исполнении Мамонтова также стали более интересными. Старые песни получили новое звучание, кое-где слегка поменялся текст. Альбом вызвал одобрение как новых, так и старых фанатов группы.
В этом же году группе исполнилось 10 лет. В коллективе появляется новый клавишник Дмитрий Иванов. Вскоре группу покидает басист Илья Князев, которого заменил молодой талантливый музыкант Иван Изотов.
В начале 2006 года вышел официальный mp3-сборник Эпидемии с релизами с 1998 по 2005 год. А уже в самом конце года — двойной концертный DVD Хроники сумерек: 10 лет пути (часть первая) и Хроники сумерек: Эльфийская рукопись (часть вторая) с концерта 2005 года, посвященному 10-летию группы.
В декабре 2007 года группа записывает продолжение своей метал-оперы: Эльфийская рукопись: Сказание на все времена. В записи снова приняли участие Артур Беркут, Андрей Лобашев, Дмитрий Борисенков и Кирилл Немоляев, а также новые участники: вокалист фолк-группы Тролль гнёт ель Константин Румянцев и экс-вокалист Мастера Михаил Серышев. Презентация альбома прошла в Лужниках 3 декабря 2007 года.
Осенью 2008 года Эпидемия объявила о начале сотрудничества с компанией «Yamaha» c контрактом на год. Впервые в России вся группа стала официальным эндорсером отдельной музыкальной компании, работая напрямую с брендом. Группа получила новые и лучшие инструменты компании Yamaha.
9 апреля 2009 года свет увидел первый сингл группы «Сумеречный ангел», состоящий из двух новых песен, которые исполнялись ранее в живую, и двух новых версий песни «Пройди свой путь» из альбома Эльфийская рукопись. Сингл был выложен для бесплатного скачивания с официального сайта группы, а также вышел ограниченным тиражем на CD.
1 апреля 2010 года вышел альбом Дорога домой, записанный в Финляндии на студии Sonic Pump и в России на студии Dreamport. Также в качестве бонус-трека на альбом вошли две старые песни, написанные еще в 1994 году - «Феникс» и «Вернись».
